Comme le CIR présente une composante fiscale et une composante scientifique et technique, son contrôle est logiquement bicéphale. Il peut être diligenté par l’administration fiscale ou le Ministère de l’enseignement supérieur de la recherche (MESR). En revanche, l’administration fiscale demeure seule compétente pour l’application des procédures de rectification. Découvrez les 2 types de contrôle.
Le droit de reprise en matière de CIR s’exerce jusqu’à la fin de la 3e année qui suit celle du dépôt de la déclaration spéciale (n° 2069-A-SD) . Ainsi, si l’entreprise clôture son exercice au 31 décembre et qu’elle sollicite un crédit d’impôt au titre des dépenses de recherche exposées en 2023 :
- la déclaration de CIR sera en principe déposée en mai 2024 ;
- le délai de reprise de l’administration fiscale pourra alors s’exercer jusqu’au 31 décembre 2027.
Le contrôle du CIR par l’administration fiscale
L’administration fiscale peut vérifier la réalité de l’affection des dépenses valorisées dans le CIR dans le cadre :
- d’une vérification de comptabilité ;
- d’un contrôle sur pièces (contrôle de la déclaration 2069-A-SD) ;
- du traitement d’une demande de remboursement (qui s’analyse comme une réclamation contentieuse).
Elle peut, si elle l’estime nécessaire, solliciter l’avis du MESR toutes les fois où « l’appréciation du caractère scientifique des travaux apparaît nécessaire »
Le contrôle du CIR par le MESR
Le MESR est également en mesure de diligenter par lui-même le contrôle du CIR. Une fois le contrôle réalisé, il communiquera son rapport à l’Administration fiscale, seule habilitée à procéder à des rectifications fiscales.
En dehors de l’hypothèse dans laquelle l’agent chargé du contrôle adresse à l’entreprise une seconde demande d’informations complémentaires, cet agent n’est pas tenu d’engager avec l’entreprise contrôlée un débat oral et contradictoire.
La création du comité consultatif
Conscient des difficultés rencontrées par les entreprises déclarantes à l’occasion de la vérification de l’éligibilité technique et scientifique des projets valorisés dans leurs CIR, le législateur a mis en place, dans le cadre de la loi de finances pour 2016, un comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche.
Ce comité est présidé par un conseiller d’État. Il se compose d’un représentant de l’administration fiscale et d’un expert disposant des compétences techniques adaptées à la spécificité du CIR ou du CII et n’ayant pas encore eu à connaître le litige.
Son rôle principal est de résoudre tout désaccord persistant dans le cadre d’un contrôle fiscal « sur place » entre les entreprises et l’administration fiscale relatif à l’éligibilité des travaux de R&D valorisés.
Aujourd’hui, la Médiation des Entreprises joue un rôle significatif dans le soutien à l’innovation et dans l’accompagnement des entreprises dans leurs recherches.
Dans quel(s) cas saisir le Médiateur ?
Les principales situations propres au CIR dans lesquelles le contribuable peut s’adresser utilement à lui sont les suivantes :
- non-versement du CIR – CII ;
- absence de débat, au cours d’un contrôle du CIR, sur le fond technique des projets dont l’éligibilité est rejetée. Le Contribuable peut alors solliciter du Médiateur une : – expertise du MESR ; – rencontre avec l’expert du MESR qui a statué une première fois sur l’éligibilité des projets de recherche valorisés au CIR ; – contre-expertise du MESR.
Le référencement dans le contrôle du CIR
À l’issue d’un processus de construction collective, impliquant les entreprises de conseils et leurs représentants, les entreprises clientes, les Administrations et la Médiation, il a été décidé de mettre en place un référencement des Cabinets de conseil CIR / CII. Les entreprises de conseil qui souhaitent être référencées s’engagent alors à respecter les engagements et les bonnes pratiques, définis notamment par la « Charte des Acteurs du conseil en CIR-CII ». L’Autorité de référencement prononce le référencement pour une période de 3 ans.
Découvrez un condensé d’exemples et de bonnes pratiques pour déclarer votre CIR :
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Ayming est un cabinet de conseil en innovation référencé CIR/CII par la Médiation des entreprises. Depuis juillet 2016, ce référencement vient récompenser l’engagement de nos consultants auprès vous dans la mise en œuvre des missions CIR/CII. Nous sommes à vos côtés pour votre déclarer votre CIR avec les meilleures pratiques actuelles :
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